Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Biotechnologii i Hodowli Zwierząt - Biotechnologia (S1)

Sylabus przedmiotu Mechanizmy ewolucji genomów:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Biotechnologia
Forma studiów studia stacjonarne Poziom pierwszego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta inżynier
Obszary studiów charakterystyki PRK, kompetencje inżynierskie PRK
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Mechanizmy ewolucji genomów
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Genetyki
Nauczyciel odpowiedzialny Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Daniel Polasik <Daniel.Polasik@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 2,0 ECTS (formy) 2,0
Forma zaliczenia zaliczenie Język polski
Blok obieralny 18 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
ćwiczenia audytoryjneA7 15 1,00,41zaliczenie
wykładyW7 15 1,00,59zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu Genetyki Ogólnej i Genomiki

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Zapoznanie studentów z metodami analiz genomów
C-2Przybliżenie procesów ewolucyjnych zachodzących na poziomie genomu

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
ćwiczenia audytoryjne
T-A-1Organizmy modelowe używane w genomice porównawczej, przykłady zastosowania.2
T-A-2Teoria makroewolucji i ewolucja genomu.2
T-A-3Techniki pozwalające na określenie wielkości genomu u roslin i zwierząt.2
T-A-4Korzystanie z baz danych obejmujących genomikę porównawczą.3
T-A-5Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich.2
T-A-6Etyczne i praktyczne aspekty poznania sekwencji genomów różnych organizmów i człowieka. Genomika personalna.2
T-A-7Choroby genomowe.2
15
wykłady
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C.2
T-W-2Pochodzenie genów i genomów. Teorie powstania kodu genetycznego.2
T-W-3Organizacja genomów prokariotycznych i organellowych. Porównanie.2
T-W-4Budowa genomów eukariotycznych. Porównanie. Kolinearność i syntenia.2
T-W-5Powstawanie nowych genów.2
T-W-6Ewolucja płciowości. Teorie wyjaśniające korzyści rozmnażania płciowego.2
T-W-7Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i całych genomów.3
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
ćwiczenia audytoryjne
A-A-1Uczestnictwo w audytoriach15
A-A-2Studiowanie zalecanej literatury7
A-A-3Przygotowanie prezentacji5
A-A-4Konsultacje2
A-A-5Zaliczenie1
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Studiowanie zalecanej literatury6
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia6
A-W-4Konsultacje2
A-W-5Zaliczenie1
30

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny
M-2Pokaz
M-3Prezentacje studentów
M-4Dyskusja dydaktyczna

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocana aktywności
S-2Ocena formująca: Ocena prezentacji
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczeniowe

Zamierzone efekty uczenia się - wiedza

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O9.1_W01
Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych oraz objaśnianie zmian zachodzących w genomach podczas ewolucji
BT_1A_W07, BT_1A_W05, BT_1A_W16C-2T-A-3, T-A-2, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-W-1, T-W-3M-1S-3

Zamierzone efekty uczenia się - umiejętności

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O9.1_U01
Umiejętność postrzegania ewolucji jako zmian w genomie oraz znajomość baz genomowych
BT_1A_U01, BT_1A_U12, BT_1A_U06C-1T-A-7, T-A-4, T-A-1, T-A-5, T-W-4, T-W-2, T-W-3, T-W-7M-2S-1

Zamierzone efekty uczenia się - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty uczenia sięOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów uczenia się prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
BT_1A_BT-S-O9.1_K02
Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów oraz dolnośc do kompleksowej oceny danych
BT_1A_K06, BT_1A_K01C-2T-A-6, T-A-1, T-A-5, T-W-6, T-W-1M-3, M-1S-2, S-3

Kryterium oceny - wiedza

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O9.1_W01
Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych oraz objaśnianie zmian zachodzących w genomach podczas ewolucji
2,0Nie zna pojęcia genomu i jego budowy
3,0Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych.
3,5Wie jakie jest zróżnicowanie wielkości genomów
4,0Wie jak zbudowane są genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych
4,5Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice.
5,0Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice. Ma wiedze na temat zaawansowania projektów sekwencjonowania genomów różnych grup taksonomicznych.

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O9.1_U01
Umiejętność postrzegania ewolucji jako zmian w genomie oraz znajomość baz genomowych
2,0Nie wie, że są bazy danych sekwencji
3,0Umiejętność poruszania się w bazach danych w których zdeponowano sekwencje i mapy genomów
3,5Potrafi wymienić bazy danych
4,0Potrafi wymienić bazy danych i powiedziec do czego służą
4,5Potrafi poruszać się po bazach danych
5,0Potrafi korzystać z narzędzi bazy danych i interpretować uzyskane przez ich uzycie wyniki

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt uczenia sięOcenaKryterium oceny
BT_1A_BT-S-O9.1_K02
Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów oraz dolnośc do kompleksowej oceny danych
2,0Nie ma świadomości zróżnicowania genomów
3,0Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów
3,5Ma świadomość ilościowego i jakościowego zróżnicowania genomów,
4,0Ma świadomość zróżnciowania rzędu wielkości genomów i elemantów składowych
4,5Ma świadomość zróznicowania genomów poparte nielicznymi przykładami
5,0Ma świadomośc zróznicowania genomów poparte klicznymi przykładami

Literatura podstawowa

  1. Brown T. A., Genomy (nowe wydanie), PWN, Warszawa, 2009
  2. Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i Ewolucja Molekularna, PWN, Warszawa, 2008

Literatura dodatkowa

  1. Krzanowska H., Zarys mechanizmów Ewolucji, PWN, Warszawa, 2002
  2. Gregory T.R., The Evolution of the Genome, Elsevier, Londyn, 2005

Treści programowe - ćwiczenia audytoryjne

KODTreść programowaGodziny
T-A-1Organizmy modelowe używane w genomice porównawczej, przykłady zastosowania.2
T-A-2Teoria makroewolucji i ewolucja genomu.2
T-A-3Techniki pozwalające na określenie wielkości genomu u roslin i zwierząt.2
T-A-4Korzystanie z baz danych obejmujących genomikę porównawczą.3
T-A-5Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich.2
T-A-6Etyczne i praktyczne aspekty poznania sekwencji genomów różnych organizmów i człowieka. Genomika personalna.2
T-A-7Choroby genomowe.2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C.2
T-W-2Pochodzenie genów i genomów. Teorie powstania kodu genetycznego.2
T-W-3Organizacja genomów prokariotycznych i organellowych. Porównanie.2
T-W-4Budowa genomów eukariotycznych. Porównanie. Kolinearność i syntenia.2
T-W-5Powstawanie nowych genów.2
T-W-6Ewolucja płciowości. Teorie wyjaśniające korzyści rozmnażania płciowego.2
T-W-7Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i całych genomów.3
15

Formy aktywności - ćwiczenia audytoryjne

KODForma aktywnościGodziny
A-A-1Uczestnictwo w audytoriach15
A-A-2Studiowanie zalecanej literatury7
A-A-3Przygotowanie prezentacji5
A-A-4Konsultacje2
A-A-5Zaliczenie1
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w wykładach15
A-W-2Studiowanie zalecanej literatury6
A-W-3Przygotowanie do zaliczenia6
A-W-4Konsultacje2
A-W-5Zaliczenie1
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O9.1_W01Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych oraz objaśnianie zmian zachodzących w genomach podczas ewolucji
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_W07Ma ugruntowaną wiedzę na temat budowy, funkcji oraz analizy komputerowej genów i genomów, metod dziedziczenia, jak również wpływu czynników genetycznych na kształtowanie środowiska.
BT_1A_W05Ma ogólną wiedzę z zakresu budowy organizmów żywych oraz zna podstawy biochemiczne, molekularne i komórkowe funkcjonowania organizmów.
BT_1A_W16Ma ogólną wiedzę z zakresu technik modyfikacji struktur kwasów nukleinowych oraz wykorzystania organizmów żywych w biotechnologii.
Cel przedmiotuC-2Przybliżenie procesów ewolucyjnych zachodzących na poziomie genomu
Treści programoweT-A-3Techniki pozwalające na określenie wielkości genomu u roslin i zwierząt.
T-A-2Teoria makroewolucji i ewolucja genomu.
T-W-4Budowa genomów eukariotycznych. Porównanie. Kolinearność i syntenia.
T-W-5Powstawanie nowych genów.
T-W-6Ewolucja płciowości. Teorie wyjaśniające korzyści rozmnażania płciowego.
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C.
T-W-3Organizacja genomów prokariotycznych i organellowych. Porównanie.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny
Sposób ocenyS-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczeniowe
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Nie zna pojęcia genomu i jego budowy
3,0Wskazywanie różnic w budowie i wielkości genomów prokariotycznych, eukariotycznych i organellowych.
3,5Wie jakie jest zróżnicowanie wielkości genomów
4,0Wie jak zbudowane są genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych
4,5Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice.
5,0Potrafi opisać genomy org. eukariotycznych, prokariotycznych i organellowych, wskazać ich podobieństwa i różnice. Ma wiedze na temat zaawansowania projektów sekwencjonowania genomów różnych grup taksonomicznych.
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O9.1_U01Umiejętność postrzegania ewolucji jako zmian w genomie oraz znajomość baz genomowych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_U01Wykorzystuje wiedzę z zakresu matematyki, statystyki i informatyki, którą stosuje do opisu zjawisk zachodzących w przyrodzie.
BT_1A_U12Wykorzystuje narzędzia informatyczne oraz biologiczne bazy danych w badaniach biotechnologicznych.
BT_1A_U06Identyfikuje i analizuje mechanizmy determinujące funkcje życiowe, ontogenezę, procesy dziedziczenia, mechanizmy ewolucyjne organizmów oraz czynniki mutagenne.
Cel przedmiotuC-1Zapoznanie studentów z metodami analiz genomów
Treści programoweT-A-7Choroby genomowe.
T-A-4Korzystanie z baz danych obejmujących genomikę porównawczą.
T-A-1Organizmy modelowe używane w genomice porównawczej, przykłady zastosowania.
T-A-5Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich.
T-W-4Budowa genomów eukariotycznych. Porównanie. Kolinearność i syntenia.
T-W-2Pochodzenie genów i genomów. Teorie powstania kodu genetycznego.
T-W-3Organizacja genomów prokariotycznych i organellowych. Porównanie.
T-W-7Metody sekwencjonowania fragmentów DNA i całych genomów.
Metody nauczaniaM-2Pokaz
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocana aktywności
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Nie wie, że są bazy danych sekwencji
3,0Umiejętność poruszania się w bazach danych w których zdeponowano sekwencje i mapy genomów
3,5Potrafi wymienić bazy danych
4,0Potrafi wymienić bazy danych i powiedziec do czego służą
4,5Potrafi poruszać się po bazach danych
5,0Potrafi korzystać z narzędzi bazy danych i interpretować uzyskane przez ich uzycie wyniki
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty uczenia sięBT_1A_BT-S-O9.1_K02Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów oraz dolnośc do kompleksowej oceny danych
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówBT_1A_K06Ma świadomość uwarunkowań biologicznych i technologicznych podstawowych procesów biotechnologicznych.
BT_1A_K01Rozumie molekularne podstawy procesów biotechnologicznych oraz ma świadomość ich empirycznej poznawalności w oparciu o metody matematyczne i statystyczne.
Cel przedmiotuC-2Przybliżenie procesów ewolucyjnych zachodzących na poziomie genomu
Treści programoweT-A-6Etyczne i praktyczne aspekty poznania sekwencji genomów różnych organizmów i człowieka. Genomika personalna.
T-A-1Organizmy modelowe używane w genomice porównawczej, przykłady zastosowania.
T-A-5Projekty sekwencjonowania genomów zwierząt domowych i gospodarskich.
T-W-6Ewolucja płciowości. Teorie wyjaśniające korzyści rozmnażania płciowego.
T-W-1Wprowadzenie do przedmiotu, definicje, obszar badawczy. Paradoks wartości C.
Metody nauczaniaM-3Prezentacje studentów
M-1Wykład informacyjny
Sposób ocenyS-2Ocena formująca: Ocena prezentacji
S-3Ocena podsumowująca: Kolokwium zaliczeniowe
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0Nie ma świadomości zróżnicowania genomów
3,0Świadomość różnorodności biologicznej na poziomie genomów
3,5Ma świadomość ilościowego i jakościowego zróżnicowania genomów,
4,0Ma świadomość zróżnciowania rzędu wielkości genomów i elemantów składowych
4,5Ma świadomość zróznicowania genomów poparte nielicznymi przykładami
5,0Ma świadomośc zróznicowania genomów poparte klicznymi przykładami