Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie

Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa - Mikrobiologia stosowana (S2)

Sylabus przedmiotu Genomika:

Informacje podstawowe

Kierunek studiów Mikrobiologia stosowana
Forma studiów studia stacjonarne Poziom drugiego stopnia
Tytuł zawodowy absolwenta magister inżynier
Obszary studiów nauk rolniczych, leśnych i weterynaryjnych, studiów inżynierskich
Profil ogólnoakademicki
Moduł
Przedmiot Genomika
Specjalność przedmiot wspólny
Jednostka prowadząca Katedra Mikrobiologii Stosowanej i Fizjologii Żywienia Człowieka
Nauczyciel odpowiedzialny Waldemar Dąbrowski <Waldemar.Dabrowski@zut.edu.pl>
Inni nauczyciele Wojciech Sawicki <Wojciech.Sawicki@zut.edu.pl>
ECTS (planowane) 3,0 ECTS (formy) 3,0
Forma zaliczenia egzamin Język polski
Blok obieralny 8 Grupa obieralna 1

Formy dydaktyczne

Forma dydaktycznaKODSemestrGodzinyECTSWagaZaliczenie
wykładyW2 15 2,00,50egzamin
laboratoriaL2 15 1,00,50zaliczenie

Wymagania wstępne

KODWymaganie wstępne
W-1Wiedza z zakresu biochemii, mikrobiologii, genetyki molekularnej i inżynierii genetycznej

Cele przedmiotu

KODCel modułu/przedmiotu
C-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych

Treści programowe z podziałem na formy zajęć

KODTreść programowaGodziny
laboratoria
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów3
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów2
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego4
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa2
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.2
15
wykłady
T-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe3
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae3
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii2
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów3
T-W-6Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności2
15

Obciążenie pracą studenta - formy aktywności

KODForma aktywnościGodziny
laboratoria
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie temtycznej literatury przedmiotu5
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia5
A-L-4Zaliczenie materiału5
30
wykłady
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Konsultacje z prowadzącym20
A-W-3Przygotowanie się do egzaminu końcowego25
60

Metody nauczania / narzędzia dydaktyczne

KODMetoda nauczania / narzędzie dydaktyczne
M-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych

Sposoby oceny

KODSposób oceny
S-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena zdobytej wiedzy z zakresu przedstawionych informacji na wykładach i ćwiczeniach

Zamierzone efekty kształcenia - wiedza

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_W01
Potrafi definiować podstawowe pojęć z zakresu genomiki mikroorganizmow. Zna budowę i funkcję genomów bakteryjnych. Potrafi objaśnić i wytłumaczyć działanie mechanizmów ewolucji genomów na tle właściwości biologicznych wybranych gatunków. Wskazuje najwazniejsze osiągnięcia genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej na tle zagrożeń dla człowieka i środowiska. Na podstawie zdobytej wiedzy umie wybrać gatunki mikroorganizmów o cennych właściwościach biologicznych w ujęciu wykorzystania do poprawy życia, zdrowia człowieka, zwierząt i roślin.
MS_2A_W13, MS_2A_W02R2A_W03, R2A_W04C-1, C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-5, T-L-4, T-L-6M-1, M-2, M-3S-1, S-2

Zamierzone efekty kształcenia - umiejętności

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_U01
Potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych. Ptrafi zinterpretować wyniki analiz, podejmować decyzję w przypadku trudności otrzymania porządanego efektu, oraz zpobiegać powstawaniu błędów analitycznych. Umien łączyć podejście metodyczne i koncepcyjne w ramach multidyscypliny genomika.
MS_2A_U06R2A_U05, R2A_U06C-1, C-2T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-5, T-L-4, T-L-6M-2, M-3S-1

Zamierzone efekty kształcenia - inne kompetencje społeczne i personalne

Zamierzone efekty kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówOdniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaOdniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraCel przedmiotuTreści programoweMetody nauczaniaSposób oceny
MS_2A_B1_K01
Samodzielnie projektuje, modeluje i ocenia efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych. Postępuje zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Świadomie wykorzystuje wiedzę w praktyce laboratoryjnej podczas pozyskiwania informacji o genach, sekwencjach i wynikach doświadczeń, z zachowaniem zasad własności intelektualnej
MS_2A_K01, MS_2A_K03R2A_K01, R2A_K02, R2A_K03, R2A_K06, R2A_K07InzA2_K01C-1, C-2T-W-1, T-W-2, T-W-3, T-W-4, T-W-5, T-W-6, T-L-2, T-L-1, T-L-3, T-L-5, T-L-4, T-L-6M-1, M-2, M-3S-1

Kryterium oceny - wiedza

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_W01
Potrafi definiować podstawowe pojęć z zakresu genomiki mikroorganizmow. Zna budowę i funkcję genomów bakteryjnych. Potrafi objaśnić i wytłumaczyć działanie mechanizmów ewolucji genomów na tle właściwości biologicznych wybranych gatunków. Wskazuje najwazniejsze osiągnięcia genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej na tle zagrożeń dla człowieka i środowiska. Na podstawie zdobytej wiedzy umie wybrać gatunki mikroorganizmów o cennych właściwościach biologicznych w ujęciu wykorzystania do poprawy życia, zdrowia człowieka, zwierząt i roślin.
2,0
3,0Student posiada podstawoe pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - umiejętności

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_U01
Potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych. Ptrafi zinterpretować wyniki analiz, podejmować decyzję w przypadku trudności otrzymania porządanego efektu, oraz zpobiegać powstawaniu błędów analitycznych. Umien łączyć podejście metodyczne i koncepcyjne w ramach multidyscypliny genomika.
2,0
3,0Potrafi interpretować podstawowe dane z zakresu genomiki
3,5
4,0
4,5
5,0

Kryterium oceny - inne kompetencje społeczne i personalne

Efekt kształceniaOcenaKryterium oceny
MS_2A_B1_K01
Samodzielnie projektuje, modeluje i ocenia efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych. Postępuje zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Świadomie wykorzystuje wiedzę w praktyce laboratoryjnej podczas pozyskiwania informacji o genach, sekwencjach i wynikach doświadczeń, z zachowaniem zasad własności intelektualnej
2,0
3,0Ma podstawową świadomość roli społecznej w propagowaniu wiedzy na temat genomiki mikroorganizmów
3,5
4,0
4,5
5,0

Literatura podstawowa

  1. Primrose S. B., Zasady analizy genomu - przewodnik do mapowania i sekwencjonowania DNA różnych organizmów, Wydawnictwo Naukowo-Techniczne, Warszawa, 1999, 1
  2. Brown T.A., Genomy, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2012
  3. Higgs P.G., Attwood T.K., Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa, 2013

Literatura dodatkowa

  1. Artykuły popularno naukowe w czasopismach krajowych “Świat Nauki”, „Wiedza i Życie”, „Kosmos”, 2011

Treści programowe - laboratoria

KODTreść programowaGodziny
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów3
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów2
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego4
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa2
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.2
15

Treści programowe - wykłady

KODTreść programowaGodziny
T-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych2
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe3
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae3
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii2
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów3
T-W-6Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności2
15

Formy aktywności - laboratoria

KODForma aktywnościGodziny
A-L-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-L-2Studiowanie temtycznej literatury przedmiotu5
A-L-3Przygotowanie do zaliczenia5
A-L-4Zaliczenie materiału5
30
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta

Formy aktywności - wykłady

KODForma aktywnościGodziny
A-W-1Uczestnictwo w zajęciach15
A-W-2Konsultacje z prowadzącym20
A-W-3Przygotowanie się do egzaminu końcowego25
60
(*) 1 punkt ECTS, odpowiada około 30 godzinom aktywności studenta
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaMS_2A_B1_W01Potrafi definiować podstawowe pojęć z zakresu genomiki mikroorganizmow. Zna budowę i funkcję genomów bakteryjnych. Potrafi objaśnić i wytłumaczyć działanie mechanizmów ewolucji genomów na tle właściwości biologicznych wybranych gatunków. Wskazuje najwazniejsze osiągnięcia genomiki strukturalnej, funkcjonalnej i porównawczej na tle zagrożeń dla człowieka i środowiska. Na podstawie zdobytej wiedzy umie wybrać gatunki mikroorganizmów o cennych właściwościach biologicznych w ujęciu wykorzystania do poprawy życia, zdrowia człowieka, zwierząt i roślin.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_W13Ma poszerzoną wiedzę o procesach zachodzących w środowisku i zależnościach między organizmami w nim funkcjonującymi i możliwościami ich wykorzystania.
MS_2A_W02Ma wiedzę w zakresie uwarunkowań pomiędzy fizjologią organizmów żywych a genotypem oraz zkresu znaczenia immunologii i immunoprofilaktyki w hodowli zwierząt.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_W03ma pogłębioną wiedzę na temat biosfery, chemicznych i fizycznych procesów w niej zachodzących, podstaw techniki i kształtowania środowiska dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
R2A_W04ma pogłębioną wiedzę o funkcjonowaniu organizmów żywych na różnych poziomach złożoności, przyrody nieożywionej oraz o technicznych zadaniach inżynierskich dostosowaną do studiowanego kierunku studiów
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów
T-W-6Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
S-2Ocena podsumowująca: Ocena zdobytej wiedzy z zakresu przedstawionych informacji na wykładach i ćwiczeniach
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Student posiada podstawoe pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaMS_2A_B1_U01Potrafi interpretować pojęcia z zakresu genomiki mikroorganizmów oraz ocenić bieżące doniesienia o odkryciach i aplikacjach z zakresu genomiki strukturalnej i funkcjonalnej drobnoustrojów. Potrafi teoretycznie i praktycznie zaprojektowanie doświadczenie z wykorzystaniem narzędzi molekularnych. Ptrafi zinterpretować wyniki analiz, podejmować decyzję w przypadku trudności otrzymania porządanego efektu, oraz zpobiegać powstawaniu błędów analitycznych. Umien łączyć podejście metodyczne i koncepcyjne w ramach multidyscypliny genomika.
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_U06Posiada umiejętności praowania z materiałem genetycznym, hodowlami komórkowymi oraz wykorzystać techniki obrazowania.
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_U05samodzielnie i wszechstronnie analizuje problemy wpływające na produkcję i jakość żywności, zdrowie zwierząt i ludzi, stan środowiska naturalnego i zasobów naturalnych oraz wykazuje znajomość zastosowania specjalistycznych technik i ich optymalizacji dostosowanych do studiowanego kierunku studiów i profilu kształcenia
R2A_U06posiada umiejętność doboru i modyfikacji typowych działań (w tym technik i technologii) dostosowanych do zasobów przyrody w celu poprawy jakości życia człowieka, zgodnych ze studiowanym kierunkiem studiów
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Potrafi interpretować podstawowe dane z zakresu genomiki
3,5
4,0
4,5
5,0
PoleKODZnaczenie kodu
Zamierzone efekty kształceniaMS_2A_B1_K01Samodzielnie projektuje, modeluje i ocenia efektów doświadczeń z wykorzystaniem technik i narzędzi molekularnych. Postępuje zgodnie z zasadami dobrej praktyki laboratoryjnej. Świadomie wykorzystuje wiedzę w praktyce laboratoryjnej podczas pozyskiwania informacji o genach, sekwencjach i wynikach doświadczeń, z zachowaniem zasad własności intelektualnej
Odniesienie do efektów kształcenia dla kierunku studiówMS_2A_K01Rozumie potrzebę ciągłego dokształcania się i konieczności podnoszenia kompetencji zawodowych. Wyznacza kierunki własnego rozwoju i kształcenia (trzeciego stopnia, studia podyplomowe, kursy)
MS_2A_K03Ma świadomość odpowiedzialności za bezpieczeństwo pracy własnej i innych. Umie postępować w stanach zagrożenia
Odniesienie do efektów zdefiniowanych dla obszaru kształceniaR2A_K01rozumie potrzebę uczenia się przez całe życie, potrafi inspirować i organizować proces uczenia się innych osób
R2A_K02potrafi współdziałać i pracować w grupie, przyjmując w niej różne role
R2A_K03potrafi odpowiednio określić priorytety służące realizacji określonego przez siebie lub innych zadania
R2A_K06posiada znajomość działań zmierzających do ograniczenia ryzyka i przewidywania skutków działalności w zakresie szeroko rozumianego rolnictwa i środowiska
R2A_K07ma świadomość potrzeby ukierunkowanego dokształcania i samodoskonalenia w zakresie wykonywanego zawodu
Odniesienie do efektów kształcenia prowadzących do uzyskania tytułu zawodowego inżynieraInzA2_K01ma świadomość ważności i rozumie pozatechniczne aspekty i skutki działalności inżynierskiej, w tym jej wpływu na środowisko, i związanej z tym odpowiedzialności za podejmowane decyzje
Cel przedmiotuC-1Poznanie budowy i funkcji genomów
C-2Znajomość metod analizy genomu i korzystanie z informacji zdeponowanychj w bankach danych
Treści programoweT-W-1Wprowadzenie do genomiki mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-W-2Struktura genomów bakteryjnych (mapy genetyczne, fizyczne), dostępne przeglądarki genomowe
T-W-3Struktura i funkcja genomu modelowego Escherichia coli oraz Saccharomyces cerevisiae
T-W-4Tworzenie bibliotek, biblioteki metagenomowe jako zródło genów przydatnych w biotechnologii
T-W-5Znaczenie proteomiki, transkryptomiki i metaboleomiki w analizie funkcji genów
T-W-6Genomika mikroorganizmów w produkcji i przetwarzaniu żywności
T-L-2Mapy genetyczne i fizyczne – kompleksowa analiza map wybranych mikroorganizmów prokariotycznych i eukariotycznych
T-L-1Podstawowe pojęcia z zakresu genomiki, proteomiki, transkryptomiki i metabolomiki mikroorganizmów
T-L-3Zasady i metody sekwencjonowania fragmentów DNA i genomów
T-L-5Monitorowanie ekspresji genów – symulacja komputerowa
T-L-4Bioinformatyka wspomagająca poznanie pełnego zapisu informacji genetycznej mikrooranizmów; poznanie działania baz danych sekwencji i oprogramowania wspomagającego
T-L-6Możliwe i stosowane manipulacje genetyczne mikroorganizmów oraz ich oddziaływanie w obszarach: zdrowie, żywność, środowisko.
Metody nauczaniaM-1Wykład informacyjny wspomagany prezentacja multimedialną związany z zaplanowanymi treściami
M-2Dyskusja dydaktyczna z symulacją komputerową
M-3Praca w grupach audytoryjnych
Sposób ocenyS-1Ocena formująca: Ocena aktywności i przygotowania na zajecia audytoryjne
Kryteria ocenyOcenaKryterium oceny
2,0
3,0Ma podstawową świadomość roli społecznej w propagowaniu wiedzy na temat genomiki mikroorganizmów
3,5
4,0
4,5
5,0